Nel Giappone del XVII secolo, durante un periodo di feroce persecuzione dei cristiani, due giovani preti gesuiti portoghesi, Padre Sebastião Rodrigues e Padre Francisco Garupe, intraprendono un pericoloso viaggio alla ricerca del loro mentore scomparso, Padre Ferreira, che si dice abbia abiurato la fede sotto tortura. Arrivati clandestinamente nel paese, i due missionari si confrontano con l'orrore delle atrocità commesse contro i cristiani locali, che praticano la loro fede in segreto e a rischio della vita. Mentre cercano di mantenere viva la loro missione, Rodrigues e Garupe affrontano prove di fede estreme, assistendo alla brutalità delle torture inflitte agli abitanti del villaggio che li proteggono. Le loro convinzioni spirituali vengono messe a dura prova quando Rodrigues viene catturato e costretto a confrontarsi con l'inevitabile destino di Padre Ferreira e con la questione se il silenzio di Dio di fronte alla sofferenza umana sia segno di abbandono o di una fede più profonda.