Nel 2014, dopo anni di ricerca, il tenace scienziato Joe Brody è ossessionato dalla misteriosa catastrofe che ha distrutto la centrale nucleare in cui lavorava in Giappone e causato la morte di sua moglie. Suo figlio, il tenente della Marina Ford Brody, ora adulto, è costretto a tornare in Giappone per aiutare il padre quando scopre che la tragedia era legata a qualcosa di molto più pericoloso: creature gigantesche conosciute come MUTO che si nutrono di radiazioni. Quando i MUTO emergono e minacciano la sopravvivenza dell'umanità, un essere ancora più leggendario, Godzilla, si risveglia dagli abissi del mare. Con il destino del mondo in bilico, Ford deve collaborare con scienziati e militari per comprendere e sopravvivere alla devastante battaglia tra Godzilla e i MUTO, che culmina in una resa dei conti epica che decide il destino delle città e delle persone intrappolate nel mezzo.