Kubo e' un giovane cantastorie in grado, grazie al suo shamisen magico, di dare vita agli origami protagonisti delle sue storie. Quando, pero', evoca per sbaglio lo spirito del suo nonno malvagio, e' costretto a fuggire. Per sconfiggerlo deve trovare una leggendaria armatura. Ad accompagnarlo nella sua avventura ci saranno una scimmia ed uno scarabeo-samurai.